Если на машине есть глубокие царапины, то железо само при этом целое, то как лучше их убирать – полировкой или покраской? Я за полировку, потому что в цвет попасть сложно, на пятнистой машине ездить не хочется. Но есть сомнения в эффективности метода.

Это вы зря, полировка кузова разная же бывает. Мягкая, само собой разумеется, ничего вам не уберет, раз царапины глубокие. А вот при агрессивной полировке покрытие с машины наждачкой снимают, там большая глубина воздействия. Только нужно понимать, что такая процедура машине не на пользу идет и не лишним потом будет защиту предусмотреть. Например, керамикой ее покрыть.